HCV is erg heterogeen. Minstens 11 HCV genotypes met tal van te onderscheiden subtypes werden geïdentificeerd doorheen de wereld. Deze diversiteit heeft verschillende consequenties: hoewel de verschillende stammen blijkbaar niet dramatisch onderling verschillen wat betreft hun virulentie of pathogeniciteit, zullen de diverse genotypes toch een variatie vertonen in hun mate van antwoorden op combinatietherapie met interferon/ribavirine gebaseerde schema's.