De test bepaalt of in het bloed antistoffen aanwezig zijn die reageren met endomysium, de spierlaag van de darmwand. Het was de eerste test om overgevoeligheid voor gluten (coeliakie) op te sporen. Bij de intrede van de test was nog niet bekend wat de precieze oorzaak is van coeliakie, maar men had ontdekt dat in het bloed van mensen met coeliakie bepaalde antistoffen aanwezig zijn die reageren met de spierlaag van de darm. Later is gebleken dat het om antistoffen gaat die gericht zijn tegen Tissue TransGlutaminase (anti-TTG).
De anti-endomysium test op coeliakie is niet kwantitatief, maar geeft alleen aan of er antistoffen aanwezig zijn. Inmiddels is in de test grotendeels vervangen door de geautomatiseerde anti-TTG test.
Wanneer iemand coeliakie heeft, betekent dit dat het lichaam bepaalde eiwitten (gluten) die aanwezig zijn in de meeste graansoorten (zoals tarwe, haver, rogge en gerst, spelt of kamut) niet verdraagt. Daarbij worden vaak antistoffen aangetroffen tegen het enzymTTG. Coeliakie is een autoimmuunziekte tegen TTG in de darmwand.